GeneRulor scATAC-seq Transposase

1. 产品简介

GeneRulor scATAC-seq 专用转座体基于高活性工程化 Tn5 二聚体优化而来，通过突变改造提升低 DNA 浓度下的插入活性，同时降低对线粒体 DNA 的非特异性切割，大幅提升单细胞开放染色质捕获效率。本转座体预先装载兼容拆分池（split-pool）高通量流程的双端条形码测序接头，微量细胞核体系（单个细胞核 DNA 总量＜1ng）仍可实现高效同步切割与接头标记；无需专用微流控仪器，96/384 孔板即可完成上万细胞并行建库，显著降低单细胞测序实验成本。相较于普通 Tn5 转座体，本产品单细胞核可检出可及位点数量提升 40% 以上，线粒体 reads 占比下降近 60%，数据稀疏度显著改善，完美解决传统 scATAC-seq 数据质量差、通量低、试剂昂贵的行业痛点。

2. 应用领域

2.1 单细胞染色质可及性图谱构建

适配 split-pool 拆分池高通量单细胞 ATAC 流程，单批次可处理数千至万级细胞核，精准标记细胞特异性开放调控区域，绘制全组织单细胞表观图谱。

图1. scATAC-seq 专用转座体工作原理示意图. DOI: 10.1016/j.gpb.2020.06.010

2.2 肿瘤异质性与肿瘤微环境研究

解析肿瘤内部不同亚群细胞染色质开放特征，区分肿瘤干细胞、分化肿瘤细胞、浸润免疫细胞的调控元件差异，挖掘肿瘤驱动转录因子结合位点。

2.3 免疫细胞分化与免疫调控机制

追踪 T 细胞、巨噬细胞、树突状细胞分化过程中染色质动态重塑，揭示免疫激活、免疫抑制相关顺式调控元件。

2.4 低成本 10X 试剂盒替代方案

无需微流控芯片设备，依托板级拆分池条形码策略，同等细胞通量下试剂成本仅为商用微流控试剂盒 1/5，适配大批量临床样本、胚胎发育样本筛查。

2.5 单细胞多组联合测序（scRNA+scATAC）

可兼容同一细胞同时捕获转录组与染色质可及性数据，联动解析基因表达与染色质开放的协同调控网络。

图 2 基于条形码转座体的高通量 scATAC-seq 完整实验流程. DOI: 10.1016/j.xpro.2024.103049

参考文献

[1] Cusanovich DA, Hill AJ, Aghamirzaie D, et al. A single-cell atlas of in vivo mammalian chromatin accessibility. Cell, 2018, 174 (5):1309-1324.e22. doi: 10.1016/j.cell.2018.06.052

[2] Corces MR, Shcherbina A, Kundu S, et al. Profiling Chromatin Accessibility at Single-cell Resolution. Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2021, 9:860275. doi: 10.3389/fcell.21.860275

[3] Seufert I, Sant P, Bauer K, et al. Enhancing sensitivity and versatility of Tn5-based single cell omics. Frontiers in Epigenetics and Epigenomics, 2023, 1:1245879. doi: 10.3389/freae.2023.1245879.

[4] Buenrostro JD, et al. Single-cell chromatin accessibility reveals principles of regulatory variation. Nature, 2015, 523(7561):486-490. doi: 10.1038/nature14590