GeneRulor Spatial-ATAC Transposome

1. 产品简介

GeneRulor Spatial-ATAC 专用转座体基于高活性 Tn5 二聚体定向蛋白工程改造，针对组织致密基质、交联染色质优化穿透能力，降低细胞外基质非特异吸附；预载兼容空间条形码的测序接头，可在组织切片原位精准插入开放染色质区域，同步完成 DNA 片段切割与空间标签标记。区别于普通细胞级 Tn5，本品耐受组织固定、透化缓冲体系，可兼容新鲜冷冻组织、脱蜡 FFPE 两类样本；与主流空间转录捕获芯片完全联用，实现同一组织切片同时捕获空间转录组 + 空间染色质可及性多组数据，无需分块切片，大幅降低珍贵临床样本损耗。

2. 产品特点

2.1 组织原位染色质可及性空间图谱构建

适配 Spatial-ATAC-seq 标准实验流程，在完整组织切片原位标记开放调控元件，保留细胞空间排布，绘制脑、胚胎、肿瘤、肝肾等器官全组织表观空间图谱。

图1. Spatial-ATAC原位标签化整体机制图 DOI：10.1073/pnas.2424070122

2.2 肿瘤微环境表观异质性解析

区分肿瘤核心区、侵袭边缘、基质免疫细胞的染色质开放特征，定位肿瘤特异性顺式调控元件，解析空间微环境对肿瘤细胞表观调控的影响。

2.3 空间多组学联合测序（空间 RNA + Spatial-ATAC）

与 Visium、DBiT-seq 商用空间捕获芯片配套联用，单张切片同步获取基因表达、染色质可及性双组数据，解析区域特异性转录调控网络。

2.4 胚胎、器官发育空间表观研究

追踪胚胎、组织分化全程染色质动态重塑，解析区域特异性增强子、发育调控因子激活模式。

2.5 FFPE 临床存档石蜡切片回顾性表观分析

优化交联 DNA 穿透活性，适配多年存档 FFPE 肿瘤样本，实现大规模回顾性空间表观图谱挖掘。

参考文献

[1] Huang YH, Belk JA, Zhang R, et al. Unified molecular approach for spatial epigenome, transcriptome, and cell lineages. PNAS, 2025, 122 (16):e2424070122. doi: 10.1073/pnas.2424070122

[2] Farzad N, Enninful A, Bao S, et al. Spatially resolved epigenome sequencing via Tn5 transposition and deterministic DNA barcoding. Nat Protoc, 2024, 19 (11):3389-3425. doi: 10.1038/s41596-024-01013-y

[3] Guo P, Deng Y, Fan R, et al. Multiplexed spatial mapping of chromatin features, transcriptome, and proteins. Nat Methods, 2025, 22 (3):520–529. doi: 10.1038/s41592-024-02576-0