GeneRulor cfDNA Transposase

1. 产品简介      

         GeneRulor cfDNA Transposase 为大肠杆菌重组表达无标签高活性突变 Tn5 转座酶裸酶，需要用户使用 ME（Mosaic End）嵌合接头退火组装成转座体后开展 tagmentation 反应。 针对血浆 cfDNA 样本特征完成多重改造： 1）优化转座酶蛋白表面电荷，降低无 DNA 底物条件下转座体之间非特异性聚集，显著减少接头二聚体生成； 2）配套专属低输入 tagmentation 缓冲体系，适配血浆来源天然片段化 cfDNA（100-220 bp），避免过度切割，保留 cfDNA 原始片段特征（片段组学 fragmentomics 分析可用）PMC； 3）严格去除宿主基因组 DNA、核酸酶污染，避免微量 cfDNA 建库引入外源 DNA 背景干扰； 4）降低扩增引入的序列偏好，提升低起始条件下真实 cfDNA 模板分子转化率，更好保留原始分子多样性，利于低频突变检出。

常规通用 Tn5 转座酶在 cfDNA 超低起始场景局限：

• 普通 Tn5：＞5ng DNA 输入表现稳定；当输入降至 0.1-1ng 血浆 cfDNA，接头二聚体占比飙升，有效文库占比下降，重复率升高，分子复杂度显著降低，对 MRD、低丰度 ctDNA 检测造成严重干扰。

• GeneRulor cfDNA Transposase：专门针对 0.1-1 ng 天然片段化血浆 cfDNA 做标签化条件优化，在极低 DNA 底物下抑制接头二聚体，提升有效模板转化，兼顾 cfDNA 片段组学、突变检测应用，兼容肿瘤液体活检、MRD 监测、无创产前 cfDNA 测序等临床科研场景。

2. 应用领域

2.1 肿瘤液体活检 ctDNA 测序

         血浆来源游离肿瘤 DNA 建库，用于肿瘤早筛、复发风险评估、靶向用药靶点筛选；在 0.1-1ng 低 cfDNA 投入下提升文库分子复杂度，改善低频突变（低 VAF）捕获能力，适配实体瘤血浆 ctDNA 研究。

2.2 MRD 微小残留病灶检测科研建库

术后血浆微量 ctDNA 样本建库，提升稀有肿瘤分子捕获效率，降低文库背景噪音，支持微小残留病灶科研评估，适合术后随访样本队列研究。

2.3 无创产前诊断（NIPT）相关

        cfDNA 科研测序 孕妇血浆游离 DNA 建库，用于胎儿染色体非整倍体、拷贝数变异科研分析，低起始样本减少血浆样本消耗，适配血浆提取后 cfDNA 产量偏低样本。

2.4 cfDNA 片段组学、游离 DNA 多组学研究

        留 cfDNA 原始片段长度分布特征，支持片段组学特征分析；兼容后续靶向捕获、全基因组测序、甲基化相关联合分析；适用于临床队列大量血浆样本高通量文库制备。

参考文献

[1] RHennig B, Remans K, Steinmetz L M. Large Scale Low Cost NGS Library Preparation Using a Robust Tn5 Purification and Tagmentation Protocol [J]. Genome Biology,2018,19 (1):20. PMID:29118030.

[2] Honoré N, et al. Liquid Biopsy to Detect Minimal Residual Disease: Methodology and Impact [J]. Cancers,2021,13 (21):5364.

[3] Chen M, Zhao H. Nextgeneration sequencing in liquid biopsy: cancer screening and early detection[J]. Human Genomics,2019,13(1):34.