GeneRulor Nano‑ATAC Transposome 是舒桐科技基于高活性突变 Tn5 骨架迭代开发的长读长适配型转座体产品，参考已发表 scNanoATAC‑seq、SMRT‑Tag、SAMOSA‑Tag 技术路线进行工程化改造。专门针对 ONT、PacBio 单分子长读长测序平台做标签化条件优化，在 Tn5 介导染色质开放区域标记的基础上，通过酶活性窗口调控、转座体组装工艺优化，平衡开放染色质标记效率与长片段 DNA 分子保留，规避普通 ATAC‑seq Tn5 过度切割造成长读长分子大量碎片化问题。可在单条 DNA 分子上保留基因组长距离物理连锁信息，联合解析染色质可及性、内源 CpG 甲基化、遗传变异、单倍型以及重复序列区域状态，填补长读长表观基因组学商业化试剂缺口，适用于长距离基因调控、肿瘤表观、等位基因特异性调控、重复元件等科研场景。
普通 Illumina 短读长 ATAC‑seq Tn5 痛点：常规 ATAC‑Tn5 以产出数百 bp 短片段为目标，转座活性高，反应后 DNA 被大量切断，丢失 kb 级以上长分子信息；无法解析相距数 kb‑数十 kb 的调控元件共可及性、单倍型关联，重复序列、结构变异断点比对困难。GeneRulor Nano‑ATAC Transposome 专门对转座切割效率做精细化调控，在保证开放染色质有效标记前提下保留长 DNA 片段，适配三代单分子测序建库流程。
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GeneRulor Nano‑ATAC Transposome
1. 产品简介
普通 Illumina‑ATAC Tn5：适配二代短读长 ATAC‑seq，追求高切割活性，产物多为 50‑600bp 片段；用于长读长实验时极易过度打断 DNA，长片段占比极低，丢失长距离分子连锁信息，无法实现单分子层面共可及性分析。
GeneRulor Nano‑ATAC Transposome：专门针对长读长染色质标签化进行活性窗口优化，可在染色质原位标记开放区域同时保留 kb 级长 DNA 片段；本身不直接产生甲基化信号，甲基化信息来源于原始 DNA 分子，依靠 ONT 纳米孔电流信号或 PacBio 聚合酶动力学信号读取内源 CpG 甲基化修饰，可实现同一长读分子上染色质可及性与内源甲基化联合分析，对应 scNanoATAC‑seq、SMRT‑Tag 已发表技术逻辑。
2. 应用领域
2.1 长距离基因调控元件协同分析
用于解析启动子‑增强子‑绝缘子之间的单分子共可及性关系，突破传统短读长 ATAC 只能得到 peak 水平统计相关性的局限，直接观测同一条 DNA 纤维上相距数 kb 至数十 kb 调控元件的组合开放状态，为基因远程调控机制研究提供分子层面证据。
2.2 单分子染色质可及性‑DNA 甲基化联合解析
在同一长 DNA 分子上同时获取 Tn5 插入位点（染色质开放信号）与内源 CpG 甲基化信号，研究等位基因特异性甲基化、印记区域、增强子活化与沉默的组合模式，区分群体平均信号和分子亚群真实状态，适配 ONT、PacBio HiFi 两大长读长平台。
2.3 肿瘤表观基因组、克隆异质性研究
肿瘤样本中结构变异、拷贝数变异常伴随邻近染色质重塑与甲基化异常，该试剂可将结构变异断点与周边染色质可及性、甲基化状态在单分子层面关联分析；支持病人来源异种移植模型、临床肿瘤组织细胞核样本研究，对应 SAMOSA‑Tag 肿瘤研究应用场景。
2.4 重复序列、端粒、结构变异区域表观分析
短读长测序在节段重复、卫星 DNA、转座元件、端粒区域存在多重比对缺陷；长读长分子可以跨越重复单元，结合两侧唯一序列，提升上述复杂基因组区域染色质可及性图谱解析能力。
参考文献
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