恶臭假单胞菌转座文库

1. 恶臭假单胞菌

恶臭假单胞菌是一种极具应用潜力的环境与工业微生物，被公认为安全菌株（GenerallyRecognized as Safe, GRAS）。其卓越的代谢多样性、强大的环境适应性及优异的胁迫耐受性，使其在生物修复、生物催化及合成生物学领域占据核心地位。精准高效的基因编辑技术是挖掘其代谢潜力、构建高效工程菌株的关键工具。

（1）革兰氏染色属性：恶臭假单胞菌属于革兰氏阴性菌（Gram-negative）。

（2）物理特征：拥有典型的外膜结构和薄层肽聚糖细胞壁，其外膜作为有效的渗透屏障，赋予菌株对多种抗生素和有机溶剂的天然耐受性。作为假单胞菌属的模式种，其代谢途径丰富多样。

（3）工业意义：作为模式革兰氏阴性菌，它是研究芳香烃降解、有机溶剂耐受性及生物膜形成的理想模型。在工业上广泛用于生物修复、手性化合物合成及高分子材料生产。

（4）遗传转化：具有高效的外源DNA摄取能力，可通过电转化或接合转移实现基因编辑工具的导入，转化效率较高。

2. 恶臭假单胞菌转座文库构建

舒桐利用Mariner转座系统，在恶臭假单胞菌中成功实现了抗性基因的高效、随机插入，建立了高质量的全基因组转座子突变文库。该系统具有以下显著优势：

转座效率卓越：经严格测试，Mariner转座子在恶臭假单胞菌中的转座效率稳定在95%以上，确保了插入事件的广泛性和随机性，为后续功能筛选提供了可靠基础。

文库规模与覆盖度高：我们成功构建的转座子文库突变体数量超过1×10⁶，实现了对基因组非必需区域的高密度覆盖。这一规模足以系统性地筛选与特定性状（如胁迫耐受、代谢增强等）相关的关键基因。

标准化与可重复性：我们已建立标准化的转座、筛选与验证流程，可针对不同恶臭假单胞菌菌株背景进行定制化文库构建，服务范围涵盖抗逆性提升、产物合成优化等多种工业场景。

图1 PCR检测：转座验证，抗性基因插入验证

图2 PCR检测：质粒是否残留

3. 恶臭假单胞菌转座文库Tn-Seq示例报告展示

Tn-Seq报告首先会对原始测序数据以及质控过滤后的数据进行统计展示。

图3 样本数据量统计示意图

为保障整合位点鉴定结果的准确性，对所有初步检出的整合位点进行了严格过滤，仅保留至少有3条独特分子标识（UMI）支持的位点，并在此基础上进行后续统计分析。

图4 插入位点统计示意图

Circos图展示了转座子插入位点在宿主基因组上的关联分布，图中每条连线指向一个具体的整合位点。

图5 整合位点在宿主基因组的分布情况示意图

全基因组覆盖率和基因插入密度是评估转座子插入突变筛选实验结果质量与可靠性的两个核心指标。其中，全基因组覆盖率反映了突变库的饱和程度与筛选广度，可用于排除因实验未完全覆盖而导致的假阳性必需基因；而基因插入密度则直接量化了单个基因对插入突变的耐受性，是系统性鉴定必需基因的关键依据。

图6 全基因组覆盖度示意图

为探究必需基因的功能影响，报告会对KEGG（KyotoEncyclopedia of Genes and Genomes）通路进行富集分析。KEGG数据库主要作用是描述基因在代谢、信号通路中的交互网络。

图7 KEGG富集通路示意图

为了更全面地了解必需基因的功能，报告会进一步对其进行GO ( Gene Ontology) 功能分类分析，包括生物学过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)三个维度。

图8 GO富集通路示意图

4. 舒桐服务内容

您只需提供目标菌株的甘油菌及相关信息，我们将全流程为您服务。

表1 服务内容及周期

表二 交付内容及质控标准