大肠杆菌转座文库

1. 大肠杆菌

大肠杆菌是生命科学研究中最经典的模式生物，也是合成生物学与生物技术产业的核心底盘细胞。虽然其遗传背景清晰，但在面对复杂代谢通路改造、多基因连续编辑以及特定临床分离株（如高毒力或多重耐药株）时，仍需要精准高效的基因编辑工具。

（1）革兰氏染色属性：大肠杆菌属于革兰氏阴性菌 (Gram-negative)。其物理特征是拥有一层较薄的肽聚糖层，但外侧包裹着一层复杂的外膜结构（含脂多糖 LPS），这与革兰氏阳性菌有显著区别。

（2）临床与科研意义：它既是肠道正常菌群的一部分，也包含致病性菌株（如 EHEC, ETEC）。在科研领域，它是克隆表达、代谢工程及基础遗传学研究的首选模型。

（3）代谢与应用：具有极强的环境适应性与快速生长能力，是生物膜研究、外源蛋白表达及生物小分子工业化生产的重要载体。

2. 大肠杆菌转座文库构建

舒桐利用Mariner和Tn5转座系统，在大肠杆菌中成功实现了抗性基因的高效、随机插入，建立了高质量的全基因组转座子突变文库。该系统具有以下显著优势：

转座效率卓越：经严格测试，转座子在大肠杆菌中的转座效率稳定在95%以上，确保了插入事件的广泛性和随机性，为后续功能筛选提供了可靠基础。

文库规模与覆盖度高：我们成功构建的转座子文库突变体数量超过1×10⁶，实现了对基因组非必需区域的高密度覆盖。这一规模足以系统性地筛选与特定性状（如胁迫耐受、代谢增强等）相关的关键基因。

标准化与可重复性：我们已建立标准化的转座、筛选与验证流程，可针对不同大肠杆菌菌株背景进行定制化文库构建，服务范围涵盖抗逆性提升、产物合成优化等多种工业场景。

图1 PCR检测：转座验证，抗性基因插入验证

图2 PCR检测：质粒是否残留

3. 大肠杆菌转座文库Tn-Seq示例报告展示

Tn-Seq报告首先会对原始测序数据以及质控过滤后的数据进行统计展示。

图3 样本数据量统计示意图

为保障整合位点鉴定结果的准确性，对所有初步检出的整合位点进行了严格过滤，仅保留至少有3条独特分子标识（UMI）支持的位点，并在此基础上进行后续统计分析。

图4 插入位点统计示意图

Circos图展示了转座子插入位点在宿主基因组上的关联分布，图中每条连线指向一个具体的整合位点。

图5 整合位点在宿主基因组的分布情况示意图

全基因组覆盖率和基因插入密度是评估转座子插入突变筛选实验结果质量与可靠性的两个核心指标。其中，全基因组覆盖率反映了突变库的饱和程度与筛选广度，可用于排除因实验未完全覆盖而导致的假阳性必需基因；而基因插入密度则直接量化了单个基因对插入突变的耐受性，是系统性鉴定必需基因的关键依据。

图6 全基因组覆盖度示意图

为探究必需基因的功能影响，报告会对KEGG（KyotoEncyclopedia of Genes and Genomes）通路进行富集分析。KEGG数据库主要作用是描述基因在代谢、信号通路中的交互网络。

图7 KEGG富集通路示意图

为了更全面地了解必需基因的功能，报告会进一步对其进行GO ( Gene Ontology) 功能分类分析，包括生物学过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)三个维度。

图8 GO富集通路示意图

4. 舒桐服务内容

您只需提供目标菌株的甘油菌及相关信息，我们将全流程为您服务。

表1 服务内容及周期

表二 交付内容及质控标准