三代测序法HLA分型鉴定
三代测序法HLA分型鉴定
1. 背景介绍
在CAR-T细胞治疗等前沿领域，通过基因编辑技术对供者细胞（如T细胞）进行改造是核心环节。其中，人类白细胞抗原（Human Leukocyte Antigen, HLA）基因是常见的编辑靶点之一。为了确保基因编辑的精准性和安全性，对HLA基因进行精确的分型和序列测定至关重要。只有获得了准确的HLA等位基因序列，研发人员才能设计出高效的指导RNA（gRNA），并对编辑效率和潜在的脱靶效应进行可靠的评估。
图1 CAR-T细胞治疗中HLA基因精准分型的技术逻辑与应用框架
我们深知，对于大多数已知的HLA分型，经典的一代测序（Sanger测序）技术以其高准确性和成熟的流程，仍然是金标准和首选方案。然而，在面对新型或罕见的HLA等位基因时，或当分型结果出现模糊和不确定性时，就需要更强大的技术手段来解决挑战。为此，我们特别推出了基于第三代测序（TGS）技术的HLA高分辨分型服务，作为我们一代测序平台的有力补充。该服务利用长读长测序的独特优势，能够完整解析复杂的HLA基因区域，为CAR-T客户及其他有特殊需求的研发项目提供最终、明确的序列答案。
2. 第三代测序HLA分型技术原理
我们的HLA高分辨分型管线采用先进的纳米孔长读长测序技术。其核心原理是通过对覆盖HLA核心基因（包括经典的I类基因A, B, C和II类基因DRB1, DQB1, DPA1, DPB1等11个位点）的全长扩增子进行单分子测序，实现从DNA到等位基因分型结果的直接、精准的解读。
图2 第三代测序HLA高分辨分型技术流程示意图
3. 技术创新与优势
相较于传统技术，我们的三代测序HLA分型管线具有以下优势：
优势 | 详细说明 |
超高分辨率 | 直接获取HLA基因全长序列，轻松实现8位甚至更高分辨率的等位基因分型，彻底消除由片段拼接或核心区域测序不足导致的不确定性。 |
结果精准无歧义 | 长读长测序能够明确区分相位，解决顺反式构型难题，避免模棱两可的分型结果，确保临床决策的准确性。 |
覆盖全面 | 一次性检测多达11个HLA基因位点，全面覆盖经典I类和II类基因，满足中华骨髓库等机构的高分辨入库要求 [3]。 |
流程简便快速 | 优化的实验流程，从提取DNA到上机测序，总时长可缩短至24小时以内，大大提高了检测效率，满足临床快速检测的需求。 |
图3 HLA基因全长覆盖分析，对比传统方法与三代测序方法的覆盖差异
4. 应用场景与服务优势
4.1 应用场景
（1）CAR-T基因编辑有效性与安全性评 为CAR-T研发客户在编辑供者HLA基因时，提供精确的靶点序列信息，是准确评估编辑效率和脱靶风险的基础。
（2）器官与造血干细胞移植配型： 为供受者提供快速、精准的HLA高分辨配型，解决疑难或不确定分型，提高移植成功率。
（3）疾病关联性研究： 深入研究特定HLA等位基因与自身免疫性疾病、感染性疾病及肿瘤的关联性。
（4）药物基因组学： 指导个体化用药，预测药物超敏反应风险。
（5）骨髓库高分辨入库： 补充解决常规方法无法明确分型的案例，满足中华骨髓库等机构对捐献者HLA位点的高分辨分型要求。
4.2 服务优势
（1）技术领先： 采用国际前沿的第三代测序平台，结合自主优化的生信分析流程，确保技术的前瞻性和可靠性。
（2）质量保证： 实验室遵循严格的质量管理体系，确保每一个检测环节都符合最高标准，数据可溯源。
（3）专业报告解读： 提供内容详尽、格式清晰的检测报告，并配备专业的遗传咨询团队，为临床医生和研究人员提供深入的报告解读和技术支持。
（4）定制化服务： 可根据客户的具体需求，提供从样本处理到深度数据分析的个性化解决方案。
5. 示例报告
我们提供符合临床诊断和科研需求的专业、规范的HLA高分辨分型报告。报告不仅清晰地展示了受检者的基本信息和检测项目，更以直观的表格形式详尽列出在各个HLA位点上的高分辨率分型结果。所有结果均严格遵循国际免疫遗传学项目（IPD-IMGT/HLA）的最新数据库和命名法 [4]，并附有详尽的注释和说明，确保了结果的准确解读与可靠的临床应用价值。
图4 第三代测序HLA高分辨分型鉴定示例报告
6. 服务内容与样本要求
6.1 服务内容
服务环节 | 服务内容 |
项目咨询 | 专业的售前技术支持，协助您选择最合适的检测方案。 |
样本检测 | 接收血液、组织或DNA样本，进行严格的质检后，执行标准化的检测流程。 |
数据分析 | 采用先进的生物信息学分析管线，进行高精度的HLA分型。 |
报告交付 | 在承诺的周期内（TAT）交付正式的检测报告。 |
售后支持 | 提供持续的技术支持和报告解读服务。 |
*服务周期：标准流程5—10个工作日。
6.2 样本要求
样本类型 | 送样要求 | 备注 |
基因组DNA (gDNA) | ·总量： ≥ 1µg (Qubit定量为准） ·浓度： ≥ 50 ng/µL ·纯度： OD260/280 = 1.8-2.0 ·完整性： 主带清晰，无明显降解 | 推荐使用Qubit进行DNA定量，以确保准确性。 |
外周血 | ·采集管： EDTA抗凝管 （紫盖管） ·血量： ≥ 2 mL ·保存与运输： 4°C保存，蓝冰运输，严禁冷冻。 | 样本采集后应尽快送检，避免长期存放。 |
组织样本 | ·重量： ≥ 50 mg ·处理： 取样后立即液氮速冻 ·保存与运输： -80°C或液氮保存，干冰运输。 | 避免反复冻融。 |
细胞样本 | ·细胞量： ≥ 2 x 106 细胞 ·处理： 收集细胞，离心后弃上清，制成细胞沉淀 ·保存与运输： -80°C或液氮保存，干冰运输。 | 避免反复冻融。 |
6.3 样本信息与运输
（1）信息要求：每份样本均需清晰标记样本编号，并附上完整的送样单，注明样本类型、来源及其他相关信息；
（2）运输指南：请使用足量干冰（针对冻存样本）或蓝冰（针对冷藏样本）进行运输，并选择可靠的快递服务，以确保样本在运输过程中的稳定。
注：若样本不符合上述要求，可能会影响数据质量、延长检测周期或导致实验失败。如有特殊样本类型，请务必提前与我们的技术支持团队联系沟通。
7. 参考文献
[1] Sino-us-diagnostics.com. (n.d.). 三代测序HLA分型——精准分型的新选择。 [online] Available at: [Accessed 2 Feb. 2026].
[2] 陈佳， et al. (2019). 三代测序与靶向捕获技术联用进行高分辨HLA基因分型。遗传， 41(10), pp.974-982. [online] Available at: [Accessed 2 Feb. 2026].
[3] Cobioer.com. (2024).人类白细胞抗原HLA基因分型标准品-技术文章。 [online] Available at: https://www.cobioer.com/solution/index62.html[Accessed 2 Feb. 2026].
[4] Robinson, J., et al. (2019). The IPD-IMGT/HLA Database.Nucleic Acids Research, 48(D1), pp.D948–D955.